ごめんなさい。当該現象が発生しました。
Everythingの正規表現のチェックを外したら仰るとおり濁音の有無が無視されました。
正規表現だと大丈夫です。
ちなみに当方はバージョン 1.4.1.809b (x64)ですね。

ところで正規表現検索も出来ないのですが､どこか設定する必要があるのでしょうか？
/.*/で何もヒットしません。.*だと沢山ヒットしますが､/.*ダミー.*/も.*ダミー.*何もヒットしません。
%I"%*regexp(?)でIRegExpが表示されますが検索出来ないので､ bregonig.dllを入れたら正規表現検索するとフリーズするようになりました。