自分の端末(SH-51C)で確認したけど
SDカード上に置いてた音声ファイルを削除したら
再起動するまでもなく即座に設定画面の着信音リストからも消えたよ

どのアプリでダウンロードしたのか知らないけど
どっか他の場所にコピーが保存されてるんじゃないかなぁ