＞>バイナリデータは完全に一致しても再生のアルゴリズムで音は違う（ｷﾘｯ
＞これも変わる、間違いない

だから再生のアルゴリズムって何？
ALACにしろFLACにしろ元の波形が無損失で復元出来る。つまりデコードのアルゴリズムで音が変わる事はあり得ない。ここまでは分かるよな？
で、無損失で復元された音声データを再生するのにどんなアルゴリズムが必要で、それによってどんな音の変化が生じるんだ？