最近のArcext.dllの2バイトファイル名云々の修正でZIP圧縮がおかしくなってるな。
例えばこんな感じの構成にして
TEST
├Data
│ └File1.dat
├Folder
│ └File2.dat
└File3.dat
TESTフォルダを選択して「フォルダより下のファイルを圧縮」のオプションで圧縮すると
Dataフォルダが格納されない。
とりあえず7z.dllに任せるか、Dataフォルダの名称を変更するか、フォルダより下の〜の
オプションを外せば回避できる。