最終的にAutoHotKeyと[Class] WinHookで解決しました。
勝手に変更されるソフトを閉じると自動的にリスタートする

WinHook.Shell.Add("Destroyed",,, "勝手に変更するexe,2)
Destroyed(Win_Hwnd, Win_Title, Win_Class, Win_Exe, Win_Event)
{
if (Win_Exe = "勝手に変更するexe") {
Run, D:\RestartRainmeter.exe
Return
}
}