解決法ですが、
1. C:\Windows\system32\cmd●exe のショートカットを作成
2. C:\Windows\sysnative\cmd●exe を実行するbatファイルを作成
3. 1で作成したショートカットのプロパティに、「/k batファイルのパス」の引数を付加する
このショートカットをLaunchyから呼び出すようにしました

（●は実際には「.」ですが何かNGワードに引っかかったので）