Windows版で、ユーザーフォルダの最上位に「.gimp-2.8」や「.thumbnails」の
フォルダを作ってしまうのを、別の場所に変更できませんか？
ドットで始まる隠しフォルダを想定しているのなら、
WindowsではAppDataの下に作るべきものなのでは思うのですが。