食薬区分では紅麹は非医薬品のリストに入っているから、厚労省的には紅麹のスタチンは食品的な製造方法では
医薬的効能を達成するのに充分な含有量にはならないっていう判断なんだろうな(少なくともリストに追加した時点では)。

しかし品種改良や栽培条件の最適化で医薬品成分の含有量を高めた食品原料を作ることはできるわけで、
現時点ではそれを規制するような法令は存在しないと思われ。