別の可能性を考えて
HHKB Professionalシリーズ専用ドライバをアンインストールして
SeilとKarabiner入れても安定した
親指シフトは使えている

相性問題なのか、HHKBのドライバがメモリ喰いだったのかわからないけど
ひとまずほっとしたw