一応出来なくはないかもしれない方法を思いついた
※ここではモーション→ファイル内の個別のモーションの事

まず前提として、バニラのモーションを追加ファイルで上書きできないのは、
デフォルトのアニメーションファイルが全種族に自動で読み込まれるから
そのため、追加ファイルで同名のモーションを追加すると、
バニラと追加したモーションの2つが同名で存在することになる
(ファイル単位では上書きできるが、ファイルの中身のモーションが同名だと上書きではなく同時に存在する)
このため、同名の2つのモーションがランダムに再生されたり動作がおかしくなったりする、と思われる
※この辺は多分OGRE(3Dエンジン)の仕様

全種族にデフォルトのファイルが自動で読み込まれるのが問題、なら読み込まれないようにすればいい
デフォルトのファイル(FCS上では base animationで指定)を空(モーションをすべて削除)にすれば、全員モーションがない状態になる
この状態でバニラ種族にはデフォルトのファイルをリネームしたものを追加で指定、
追加種族にはバニラと同名のモーションが入ったファイルを指定すれば種族ごとにモーションを変更できる

攻撃判定の出るタイミングは、CombatTequniqueの設定でNumFramesを1にすれば
モーション全体に対する割合で設定できたはず

問題としては、バニラのファイルを空にしてしまうから
別MODの追加種族には必ずパッチを作らないと棒立ちになることかな