SteamワークショップでサブスクライブしたMODが入るフォルダと
自作MODや手動DLしたMODが入るフォルダは別の場所になっている
特にいじってなければ後者のフォルダはSteam\steamapps\common\Kenshi\modsにあるはず
解凍した日本語化MODのフォルダをそこに放り込んだら導入完了、あとはMODの適用順を守ればOK(元MODが上、翻訳が下)