アニメーション追加MODで不安定になる問題の原因が分かった気がする
.exeと同じフォルダに resources.cfg というファイルが有るんだけど、
ここに書かれているフォルダ内のファイルがMODで指定されていれば
OGRE(3Dエンジン)が必要になったら自動で読み込んでくれるらしい

逆に指定されているフォルダ外のデータはOGREでは読み込まずにゲームエンジンが読み込むんだけど、
その時はゲーム開始直後に鎧とかが遅延ロードされるみたいにタイミングが遅れる
そこで読み込みが終わってないのにOGREがそのアニメーションにアクセスしようとして死亡

例えばAnimationOverhaul(作業アニメの置き換え)で建物に入った瞬間にNPCが作業していると
アニメーションの読み込みが間に合わずに落ちることがある(間に合ったら落ちない)
そこでMODのフォルダ構成を変えてresources.cfgの[Characters]で指定されたフォルダに置かれるようにすると落ちなくなる
※MOD内のファイルは Kenshi\data\ 以下にマージされるから、マージ先が resources.cfg にあればいい
1度試すたびにゲーム再起動しなきゃいけないからそれほど回数は試してないけど多分あってると思う

基本的にはバニラのアニメーションが置いてあるフォルダに入れるようにすれば確実
(MODのフォルダ)\character\meshes\male_skeleton\(追加の.skeleton) みたいにしとけばいいはず

問題は、フォルダ構成を変えなきゃいけないからパッチMODではどうにもならず、作者が修正するしか無い事
resource.cfgはMODでは変更できないからそっちでの修正も無理
・・・という面倒な事が分かった