旧スカイリムは本体発売後にDLCが順に発売されていて、それを全てパックにしたのがいわゆるレジェンダリーエディション（LE）です
steamで買ってもパッケージで買っても中身は変わりません（というかパッケージ版もプロダクトキーがあるだけでゲームデータはsteamからDLという形です）
新スカイリムはスペシャルエディション（SE）として最初から全てが同梱されていますが、互換性があったりなかったりなので基本は別物と考えた方が良いです
おそらくは会社の方針としてSEを売っていきたいのでしょう、現在steamでは検索を掛けないと旧版は出てきませんしDLCもバラ売りのみ、セールで割引になることもありません
どうしても旧版が欲しい、かつ安く手に入れたいという場合はsteamから直接買うよりはamazonなどでLE版パッケージを探す方が良いかもしれません