43mmでも干渉とかしないので使えますよ、
どうしても気になるなら加工しても良いし。

ちなみにAtop62.9cc44mmキットを買ったんですか？
ガスケットは何に使います？
デフォで圧縮比が低いと思うのでヘッドの追加ガスケットなら不要だと思います。

もし組み込み中ならピストンヘッドがシリンダー上面からどれくらい下がってるか教えてください、
自分の場合はセットのピストンで3mm位は下がってました、
普通ならほぼ上面つらいち付近迄来るはずなのですが自分の個体の問題なのか他の方の様子が知りたいです。

↓上死点時のピストン位置です
https://i.imgur.com/qWtnPvs.jpg