普通にMO2→mod→mod名→scripts→sourceで良く使うソースpscが含まれてるフォルダは全部登録してるよ
sourceがSEで入ってるフォルダ構成がちょっと変わってるのはそっちも登録
あとscriptが上手く動かないとオリジナル直上書きが困るので大体overwriteに頻繁に弄るpsc置いてるしpex出力先もoverwriteにして
問題が無いのを確認後バックアップを取って元modのpex,psc上書きしてる
パッチ対応で済むならパッチに改造script投げ込むけどそうじゃない場合もそれなりに有るので（紳士向けの馬鹿でかいQuestScriptで全部動かしてる様なの）