小さな区画でダメージコントロールする理由は、以前も申し上げたように、野党が附帯決議で私権制限をしないように努力義務を課してますので、
(野党の付帯決議通りに)私権制限を最小限にするためにもできる限り小さな最小の単位での要請にとどめるべきだと思います。

もし、東京医師会が訴えるような(中国のような)業務停止命令を出すことで財産権を制限し休業を強制するなら国や自治体は全額補償をしないといけません。
ですから、財源の問題からもできる限り必要最小限度に単位を区切り、期間もなるべく短く休業要請などする必要が出てくるのです。