今ちょっとだけ試してみたけどセーフハウスもサブクエ同様リセットされるね
→停電(マップにセーフハウス表示なし)→セイヴィア(全セーフハウス未解除状態でマップに表示)
それと当然のことながらメインの開始時点しか選べないんでクリア率100％に戻すことは出来ないと思う
レジェンド含む各ランク、アイテム、保管庫の中身はすべてそのまま引き継がれてた
設計図も取得済みの物はサブクエで貰えるもの拾えるもの全部そのまま持ってたよ
チュートリアルはプレイ出来ない。メイン巻き戻しはこんな感じだったよ