・「9歳のケス」でケスが教えてくれたはずのクレニム人の事を、「時空侵略戦争」で全部忘れてる

・TNGで初遭遇して連邦が初めて知ったはずのボーグが、ハンセン夫妻が既に存在を知っていて初接触した事になっている

・シリーズ初期の「ホログラム」で触れられているように、バークレイが自身の開発陣のうちの1人だったにも関わらず、
「遥か彼方からの声」で、ドクターすら自身の製作陣の一人であるバークレイを初めて知ったようなことになっている。

・「人を呼ぶ流動生命体」で自身をコピーと自覚していたはずのコピー生命体が、「崩壊空間の恐怖」では自分たちを本物と思っていた

パッと思いつくのはこれくらいかな？
どれもこじつけできない事はないけど、そうしないといけない部分があるのがこのシリーズと思うしかw
他もちらほら細かい違和感あるところはあると思う