prefs.jsって別にabout:config専用ってわけじゃなくて、Firefoxの全部の設定が保存されるファイルだからな

https://support.mozilla.org/ja/kb/profiles-where-firefox-stores-user-data
> prefs.js
> このファイルは、Firefox の 設定 ダイアログで変更したようなカスタマイズされたユーザー設定が格納されています。

弄ったところを全て戻せるようにしたいのなら、about:configは触らずにuser.jsに設定を書いていくようにする
そうすればuser.jsを消すだけで弄ったところを全部戻せるようになる

ひょっとして139はこれと勘違いしてprefs.jsを消したのか？