VFR->CFRの値って単に出力fpsなのか
AviUtl本体でその動画を開くんじゃなくて拡張編集からプロジェクト新規作成で任意のフレームレート設定してからVFR->CFRもそれに合わせ(た上でタイムラインに動画D&Dす)りゃいいのでは？
拡張編集使うなら動画をプロジェクトとして扱う意味ほとんどないし