ニコニコのツールはほとんどvposを見て表示タイミングを取得してるけど、nicoconvassだけはdateを見て表示タイミングを作成してるんで、
もしnicoconvassを使ってて表示タイミングをずらしたい場合は直接dateを変更してコメント位置もずらした方が良いかと思います。
もしくは変換したassファイルの時間を変更してコメント位置をずらす方が早いかも。