500ms単位で動作させるのにntpで1分単位に時刻を同期しておくのは無意味だと思うよ
同期するのに少なくと数秒かかるので同期している間に規定時間が過ぎるので時刻
基準で動作させると精度が良いのか悪いのか良くわからなくなる

500ms単位で動作セルならば時刻基準ではなくms単位で指定が出来るタイマーアプリで
特定の動作をするアプリを起動できるようなものを使用するべき
ただアプリを探すと時刻基準のものばかりで指定間隔で自動実行するようなものは
あまり見当たらない

プログラムが出来るならばRDTSC（Read Time Stamp Counter）とかを使えばかなり正確な
間隔で自動実行するアプリとか組むのが確実なんだろうけど