>>653
とりあえずClassiNyというソフトでフォルダ移動できました。

試しに振り分けキーワードの欄に0001 0002 ...という文字列を貼り付けてみたところ、
0205まで（1054文字）は認識してくれました。

通し番号が5桁以上になると、一度に処理できるファイル数はもっと減ってしまうことになりますね…
可能なら一度にもっと処理できたほうがいいので、引き続きそのようなソフトを探しています。