うちの環境(6.0.4(x64), Win10)だと
　　C:\Users\ユーザー\AppData\Roaming\LibreOffice\4\user\config
にもカラーパレット情報らしきものがあるよ
で、ファイルを削除してみたりして調べてみてもいまいち挙動はわからなかったんだけど、
　　まずは user\configのフォルダの standard.soc を参照
　　→ それがない時はshare\palette の standard.soc(右列黄色のパレット)
　　→それもない時は、(内部にある？)デフォルト(色数が多い右側が緑の方)
の順で参照してる感じがする
なので、share\palette と user\config の2箇所の standard.soc をリネームするか削除してしまえば
ひょっとしたら治るかもしれない