>>80-81
FLACにエンコして品質が低下するのであれば、
CD-DA等のソースをまともに吸い出せていないか、
再生環境が低スペックすぎるのではないでしょうか？

前者であれば
FLACに限らずどのロスレス形式であっても劣化するはずです。
EAC等のAccurateRip等で照合するソフトで再リップをお勧めします。

後者の場合は、
FLACのビットレートに見合う処理能力を持つスペックの高い環境に替える等するしかありません。