3.は入れ替えを頻繁に行うフィルターを単一ファイルにして別フォルダに置いておいて、ファイル単位でのnlFiltersフォルダへのコピー/削除でなんとかならない？
下手に管理ファイル作ると仕様の勘違いや適用不適用が見通しづらくなりそうじゃないかと俺は思う