あれから色々試したところ、「閲覧履歴データを消去する」の画面で
「データを消去」ボタンをクリックするタイミングが早すぎるためと判明。
「閲覧履歴データを消去する」の画面を表示させると少しの間ディスクに
アクセスしているようで、画面を出して数秒経ってからクリックすれば、
1回転どころか半回転で終わるようなので、恐らく増えたクッキーや
パスワード等消さないデータを毎回整理しているものと思われます。

今はこれで手間を感じないので普通に使っていますが、面倒に思えたら
シークレットモードを使おうと思います。>>991さんありがとう。
それと>>993のHDDやSSDがクラッシュしますように。