apktoolで中身覗いてみたが
テーマはdayやnightだけでなくday3やml(materiallight)でも設定可能なことがわかったよ
手元の適当なテーマファイルを○○○.ml.txtにするとステータスバーとナビバーが昼2の色になった(最新版のchmate)

その他色々覗いたがstatusBarcolorとかnavigationBarColorの記述もあって試しに記述してみたが効果無かった
ライブラリ更新中多いようだしまだ未実装ぽい気がする