ハードウェア的にはNFCが動いてFeliCaだけ使えないって事はまず考えられないので、
適当なリーダーアプリでSuicaが読めればハードウェアは健全と判断して良いのでは。
問題は、NFCの追加仕様に過ぎないFelicaがきちんと動作しているか否かなので、
適当な自販機でジュースでも買ってみるくらいか。

RF系はリージョンによってWWANとWiFiの設定が異なるのでOSやファームウェアもそれぞれ個別に存在するが、
NFC周りがさらに個別に存在するという話は聞いた事がないので、
日本向け仕様の端末でNFCが動作してFelicaだけ使えない(Felicaだけ故障する)、という状況はちょっと考えにくい。
海外仕様が届いてしまって使えないか、あとは考えたくないが他機種・他OSのキチガイがFUD垂れ流してるか。
後者だと踊らされるだけ損だぞ。