初期化(初期状態に戻す)：レジストリや設定、プログラム登録を初期状態に戻す
リカバリ：回復ドライブの保存時の状態に巻き戻す
クリーンインストール：インストールメディアですべてを入れ直す

この程度の使い分けでいいんじゃないの？