ありがとうございます。
ペン使用時は手書きに反応しない、みたいな項目の設定ですよね。
オンオフ試しましたが、変わりませんでした。

しかし結局、lenovoサイトで配布されてるペンのドライバでなく、ワコムのサイトのドライバに入れ替えたら直りました！
何かの拍子に、タスクマネージャからTablet Serviceというプロセスが落ちていたことがあり、その時は快適に使えたことから上記解決にたどり着きました。
ただ、ソフト起因なら、リカバリ直後はきちんと使えていいはずなのに？？という謎は残りました。
サポートの人も、リカバリ後も直らないならソフト起因はあり得ない、と言い切っていましたが…。
なんにせよ、とりあえずまともに使えるようになって良かったです。