>>927
アプリケーションの終了は「Safari → メニュー → ファイル → Safariを終了」であって
×マークはウインドウを閉じるの意
自分でウインドウを閉じた以上、開いていたウインドウを復元する設定になっていても
当然次回起動時には自動復元しない
復元して欲しいならウインドウは自分で閉じずにメニューから終了を選ぶこと
(あるいはそのままアップルメニューからシステム終了させればよい)