カスタムアプリを使うビジネスパートナーでiTunes経由で入れてるところなんてあんまりないんじゃないかねえ
イントラネットに専用Appストアって形式が多いんじゃないかなあ

自分はiTunesでアプリ管理できないと非常に困るけど