CotEditorの問題ではなくmacOS一般的な問題だけど、
アイコン変わらねーって場合は、そのキャッシュを消すとかあるけど、お手軽には
touch /Application/目的の.app
touch /Application/目的の.app/Contents/Info.plist
でだいたい変わる(touchした後にログアウトしてログインしたら)。それでもダメだったらキャッシュを消すだね、うちは

CotEditorのアイコンになってしまってるのなら、Finder情報の このアプリケーションで開く の下にある すべてを変更... かな
↑だけではダメだったら、
このアプリケーションで開くをCotEditor(や他のtxtアイコン対応アプリ)にして すべてを変更... して、CotEditor(や他のtxtアイコン対応アプリ)をtouchして、ログアウト＆ログインして、
このアプリケーションで開くをその今の／本来のにして、すべてを変更... して、...以下同文

アイコン未設定の白紙アイコンにはできないよ、たぶん。Sierra以降だったら、目的のアイコンにしたいアプリがTextEdit.appだったら、touchできないからとりあえずtouchはしないでかSIPを無効にしてtouchとか

いつからかなんかドキュメントアイコン周りが壊れたよなあ、macOS。仕様変更なのかわからんけど