コード作成で元のファイル名 - 1 とかはありがちだから理解できる。
Jedit Ω ver. 2.44でテキストファイル作成して試したら「別名保存時の元ファイル名の保持」に問題はなかったよ。
「ファイル冒頭の内容がファイル名に反映」はまた別の話。逆にこっちの方がおせっかいな気がする。

保存ダイアログが開いている時にリスト表示内のファイル名をクリックするとそのファイル名が反映されるから
既に同じファイル名が存在する場合はその機能を活用するのもあり。