Automator アクションの"Finder 項目の Spotlight コメントを設定"を使用してメタ付けをしようとしたのですが、
何回か実行していると、
Finder > 情報を見るの Spotlight コメントとは更新されている。
"xattr -l file"のcom.apple.metadata:kMDItemFinderComment は更新されている。
しかし "mdls file"で見たkMDFinderComment が変わっていないという現象が起きました。

詳しい発生条件は分からないのですが、ローマ字を入れてみたり日本語を入れてみたり、既存のコメントに追加をしてみたり既存のコメントを置き換えてみたりしていろいろ試しているとこの現象が起きます。
この状態では Spotlight検索にひっかかりません。このスレを1から読ませていただきましたが、>>275さんの言う(b)の同期が取れていない状態でしょうか。
ファイルをコピーするとコピーされた方のファイルは正しいメタが付いており検索可能な状態でした。
もとのファイルの同期を取らせてやるにはどうしたら良いでしょうか。
>>276では rsync を使用して(b)の更新ができるとありますが、どのようにすれば良いでしょうか？