何もわかってないのに色々設定を突っ込み過ぎなのは申し訳ないです…。
:source 〜
しないと反映されないものは、確認できている限りでは
カーソル行に罫線を引く設定とコマンドラインの行数を1行に変更する部分です。
あとset cindentが動いてるのかも怪しい気がします。

Terminal.appからvimを動かした際にはコマンドラインの行数は1行に
きちんと変更されているのですが、カーソル業のハイライトや
ttymouseの設定などはsourceでの読みなおしを行なっても反映されません。
このあたりはTerminal.appが原因だったりもするのでしょうか。