>~/.CFUserTextEncodingの内容はどうなってる？あと
1:14
これを 0:0 とかに変更すると、Dockアイコンの問題は無くなりますが
IM の自動 Off も効かなくなります（set noimdisable しても）。

>~/.MacOSX/environment.plistに__CF_USER_TEXT_ENCODINGの項目はある？
~/.MacOSX/ は作っていません。

Dock アイコンの問題が無く、かつ IM の自動 Off が使えている方は
いらっしゃるのでしょうか。