塗り方がいまいちで厚く塗れてて熱移送がはかどってない可能性？
とりあえずしばらくほっといてＣＰＵの熱＆クーラーのテンションで次第に薄くなることを期待してしばらく放置するか、以下を試すくらいじゃないかな
１．クーラー外す
２．ＣＰＵ、クーラー両方のグリスを奇麗に拭き取る
３．クーラー側に極薄にグリスを塗る（少しグリスをつけてヘラ等でこそぎ取る感じ）
４．ＣＰＵ側にそれなりに薄くグリスを塗る（温めると薄く塗りやすいらしい）もしくは中央盛り
５．クーラー取り付け時、可能ならクーラーをぐりぐり押し付けてグリスを押しつぶしつつ塗り広げる
をやってみるとか？