SS周りを少し見てみた
SEでMO2使用
skyrim.ini
・CドライブMy Gamesの方を変更→変化無し
･MO2各プロファイルのskyrim.ini→変化無し
・MO2各プロファイルのskyrimcustom.ini→一部変化有り
　bAllowScreenshot=　→0で無効化だけど0でも無効化されない
　sScreenShotBaseName=　→保存場所の変更は有効

ENB、Reshade
ゲーム内の設定画面で変更→有効

自環境ではこんな感じ
iniで無効化出来なかったのはskyrim本体のスクショだけだったので参考までに