ゲームフォルダごとバックアップを小まめに
取るしかないね。
外付けHDDでも買ってね。

上でも言ってるけど、mod環境構築は勘と経験による所が多いね。
大規模に変更する時とか、なんかこのmodヤバそうだと思ったらバックアップを取る