> 本来は右側のプラグインの順番のことを指すが別に左ペインの順番と読み替えてもいい

よくわかりません。AとB2つのMODがあるとして、
右側(プラグイン欄)はA.esp> B.espの順、
左側は B > Aの順
となっている場合はどうなるのでしょうか?