>>700
全画面とかで画面端スクロール機能を使ってる？
スクロール中に知らないうちち他のソフトやダイアログ、メッセージみたいなのにアクティブウインドウが移ってスクロールしてるとかない？
alt+tabのタスク切り替えで直らないかね
もしくはアクティブ以外の時はポーズになるMODとカーソルがウインドウから外に出なくなるMOD使うとか

そうでなければタスクマネージャで見てゲームが無応答になったりしてないか？