だいたいわかったよ。
ksEditorはkn5出力する際にAC用の処理をするんだけど(多分エンプティを足す)
一度そうやって処理されたkn5からfbxを抜き出しても既に処理されているので、
もう一度kn5に出力すると2重に処理されておかしくなるみたい。
これを直すにはblenderなりのソフトで足されたものを削除してfbx出力し直さないといけない。
で、3DsimEDだとその辺の問題なく出来るみたいね。