嵐の時は艦載機を飛ばせないのではなく、航空機に天候ペナルティ補正が入って戦闘力が落ちるだけ
海戦と爆撃は別の戦闘として処理されてるから、この場合戦艦に有利なのは対艦載機であって対空母でない

敵空母には同じく空母か攻撃機を当てて、指揮統制とポジション値が下がった所に戦艦を投入して一気に殲滅するしかない