３のバージョンによる違いを整理し直してみました

1.初期ロット (CDS95.EXEの更新日1996年11月14日、ファイルバージョン1.1.0.0)
　　・画面外クリックでフリーズ => パッチ対応
　　・海賊が私掠艦隊とアラブ海賊以外でてこない
　　・アラブ海賊との海戦後、戦後処理終了時点でゲームが強制終了する
2.大航海時代２＋３のバリューセット (CDS95.EXEの更新日1997年1月24日、ファイルバージョン1.2.2.0)
　　・画面外クリックでフリーズ => パッチ対応
　　・奴隷のヒントがない => パッチ対応
3.後期発売分 (CDS95.EXEの更新日1999年6月4日、ファイルバージョン1.2.7.0)
　　・奴隷のヒントがない => パッチ対応
　　・ライバルを一騎討ちで倒しても行動が遅れた旨のメッセージが出ない
4.アップデートパッチを適用したもの (CDS95.EXEの更新日2001年6月26日、ファイルバージョン1.3.1.0)
　　・スポンサー全員と面識あり => パッチ対応
　　・奴隷のヒントがない => パッチ対応
　　・ライバルを一騎討ちで倒しても行動が遅れた旨のメッセージが出ない
5.コーエー定番シリーズ (CDS95.EXEの更新日2003年2月18日、ファイルバージョン1.4.0.0)
　　・スポンサー全員と面識あり => パッチ対応
　　・奴隷のヒントがない => パッチ対応
　　・ライバルを一騎討ちで倒しても行動が遅れた旨のメッセージが出ない

ライバルの遅延は結局どのバージョンでも起きないようなので、
バイナリ改造を施すか有志パッチを当てれば初期ロット以外は大差なくなります