私が使っているのは
LilyPond - テキストによる楽譜入力を特徴とする楽譜作成ソフト
http://lilypond.org/ (公式)
Frescobaldi - LilyPond 用の GUI エディタ
http://frescobaldi.org/ (公式 英語のみ)

その他知っているソフト
MuseScore - GUI ベースの無料楽譜作成ソフト
https://musescore.org/ja (公式)
Muse - テキストベースの MIDI 再生ソフトで LilyPond へのブリッジ機能がある
http://atomic.world.coocan.jp/muse/muse.htm (公式)
MusixTeX - TeX を使える人なら使えるかもしれない楽譜作成用 TeX 追加パッケージ
http://www.mab.jpn.org/musictex/musixtex_j.html (解説サイト)