俺も別製品で同じトラブルに見舞われてる
DAWのプロジェクトファイルを立ち上げ直すたびにadd Libraryからやり直す羽目になるから使ってられないよね
一番最悪だったのは、音源メーカーからはKontaktの問題だからNIにきけと言われ、
NI(日本語サポート)にはうちの作った音源じゃないから音源メーカーにきけと言われてたらい回しにされたこと
真剣にお金返して欲しい。それがきっかけでKontakt製品は買わないことにした

ちなみにうちの環境では効果なかったけど
C:\Program Files\Common Files\Native Instruments\Service Center
↑から問題の発生してる音源の名前がついたファイルを削除してからadd Libraryし直すと上手くいく場合があるらしいから試してみて

治ったら良いね