通常エネルギーは黄色、連打チャージは青色、通常レイドエネルギーは緑色で別物なので気にする必要はないよ
限定イベントキャンペーンや限定レイドも通常とは別なのでそれぞれ毎日使い切っても構わない

ただ連打に関しては特定イベントに集中して使った方が上位狙いやすくなるので500上限の中でやりくり考えてもいい
今から微課金程度じゃどうせ上位行けないからあまり気にする必要はないと思う