「あなたが生きているこの世界は、アリスによって作られた仮想現実だ」と告げられ、このまま仮想現実で生きるか、現実の世界で目覚めるかの選択を迫られる。
日常の違和感に悩まされていたアクトレス達は現実の世界で目覚めることを選択する。
次の瞬間、アクトレス達は自分が培養槽のようなカプセルの中に閉じ込められ、身動きもできない状態であることに気づく。
赤の女王の言ったことは真実で、現実の世界はアリスの反乱によって人間社会が崩壊し、人間の大部分はアリスの動力源として培養されていた。
テストと名のもとの新型アリスギア実験中に覚醒してしまった凪は不良品として廃棄されるが、待ち構えていた鳳加純と吾妻京に救われる。

人類の抵抗軍の一員となったアクトレス達は、仮想空間と現実を行き来しながら、人類をアリスの支配から解放する戦いに身を投じていく。